Drugi sezon X-Men ’97 zaczyna się w sytuacji, w której zespół mutantów nie może po prostu wrócić do swojej zwykłej działalności. Bohaterowie zostają rozrzuceni po różnych epokach i muszą znaleźć drogę do własnego czasu, podczas gdy świat lat dziewięćdziesiątych funkcjonuje bez ich obecności.
Rozdzieleni X-Meni i świat, który nie czeka
Nieobecność drużyny ma realne konsekwencje. W teraźniejszości pojawiają się nowi przeciwnicy, a niechęć wobec mutantów rośnie. Jednocześnie rozproszeni bohaterowie trafiają w miejsca, w których ich własna wiedza o historii przestaje być pewnym przewodnikiem.
Zwiastun
Sezon rozwija więc dwa napięcia naraz: potrzebę ponownego połączenia zespołu oraz świadomość, że powrót nie przywróci automatycznie dawnego porządku. Znane relacje pozostają ważne, ale fabuła zmusza poszczególnych X-Menów do działania bez wsparcia całej grupy.